Равновесие Харди-Вайнберга

Построение диаграмм Де Финетти с помощью библиотеки “HardyWeinberg”. Для начала рассчитаем значение критерия хи-квадрат (при cc=0):

library(HardyWeinberg)
x <- c(0, 7.7, 92.3)
names(x) <- c("+/+", "+/-", "-,-")
HWChisq(x, cc = 0)

## $chisq
## [1] 0.1603
## 
## $pval
## [1] 0.6889
## 
## $D
##    +/- 
## 0.1482 
## 
## $p
##    +/+ 
## 0.0385

Далее приведён пример по моим данным…в качестве примера. Указываем домашние директории:

homedir <- "~/Dropbox/Документы/BD/Dissertation"машняя директория
homedir_scripts <- paste(homedir, "/scripts/functions", sep = "")  #Пользовательские функции
setwd(homedir_scripts)  #Директория с пользовательскими функциями
workdata <- paste(homedir, "/data/immunogenetics/", sep = "")  #БД по эр.антигенам - КРС + свиньи (семейства,линии)
setwd(paste(workdata))  #Задаём домашнюю директорию со скриптами

Загружаем исходные данные:

mydata <- read.table(paste(workdata, "свиньи_генотипы_сыв_белков.csv", 
    sep = ""), header = TRUE, sep = ";", na.strings = "NA", dec = ",", strip.white = TRUE, 
    encoding = "UTF-8")

Задаём имена генотипам:

names(mydata) <- c("Генетическая система", "+/+", "+/-", 
    "-/-")

Исходные данные:

mydata

##   Генетическая система  +/+  +/-  -/-
## 1                   G1 15.4 46.2 38.4
## 2                   G4 53.8 38.5  7.7
## 3                   G5  0.0  7.7 92.3
## 4                   G7  7.7 30.8 61.5
## 5               IgG 2b  0.0 30.8 69.2
## 6                Lpr 1  0.0 15.4 84.6
## 7                 Lp B  0.0 23.1 76.9
## 8                 Lp 3  7.7 30.8 61.5
## 9                 Lp 6  0.0  7.7 92.3

Переводим проценты в относительные частоты и строим диаграмму

x <- as.matrix(mydata[2:4])/100
HWTernaryPlot(x, n = 9, addmarkers = TRUE)

## $minp
## [1] 0.7454
## 
## $maxp
## [1] 0.2546
## 
## $inrange
## [1] 0
## 
## $percinrange
## [1] 0
## 
## $nsignif
## [1] 0

Всё готово!